Le Covid-19 progresse légèrement en Bourgogne-Franche-Comté, et la campagne de vaccination démarre le 13 octobre. Faut-il s'inquiéter ? Et pourquoi les autorités appellent-elles à un nouveau vaccin, alors que beaucoup pensaient que trois doses suffisaient ? Ce qui a vraiment été dit, et ce qui a changé.
Zéro virgule deux pour cent.
C'est la part des passages aux urgences de Bourgogne-Franche-Comté liés à une suspicion de Covid-19 durant la semaine du 21 au 27 septembre, selon le bulletin régional publié vendredi 2 octobre par Santé publique France. Une semaine plus tôt, elle était de 0,1 %. Chez SOS Médecins, dont les données proviennent notamment de Besançon, Dijon, Sens et Auxerre, la proportion est passée de 0,2 % à 0,5 % des actes.
Ces chiffres ont suffi à faire titrer certains médias sur un « retour » du Covid. La réalité est plus nuancée, et elle mérite d'être expliquée. Elle mérite aussi une réponse claire à la question que se posent beaucoup de lecteurs : pourquoi les autorités appellent-elles de nouveau à se faire vacciner, alors que l'on avait compris qu'avec trois doses, l'affaire était réglée ?
Un doublement, mais d'un chiffre minuscule.
Une hausse réelle, à un niveau faible
Santé publique France constate une augmentation progressive des recours aux soins pour Covid-19 dans la région. Elle souligne pourtant que les niveaux restent faibles et nettement inférieurs à ceux observés à la même période lors des deux saisons précédentes. Doubler un chiffre de 0,1 % donne 0,2 % : la hausse relative est spectaculaire, mais le niveau absolu reste bas.
Le reste du bulletin confirme qu'il n'y a pas de crise. La grippe n'est pas épidémique : les syndromes grippaux représentent 0,3 % des passages aux urgences et 2,9 % des actes de SOS Médecins. La bronchiolite chez les nourrissons recule, de 4,7 % à 4,0 % des diagnostics aux urgences pédiatriques, et SOS Médecins n'a enregistré aucun acte pour bronchiolite pendant la semaine. L'agence ne relève aucune hausse inhabituelle de l'activité des urgences toutes causes confondues, ni d'excès de mortalité dans la région jusqu'à la mi-septembre.
Au niveau national, plusieurs médias, dont franceinfo, ont relayé une légère augmentation des cas depuis la rentrée constatée par Santé publique France. La surveillance des cas graves de Covid-19 en réanimation a repris le 28 septembre, comme chaque automne. Ce sont ces données, et non les consultations, qui diront dans les prochaines semaines si la circulation du virus se traduit par des formes sévères.
Il faut enfin rappeler un point essentiel. Une hausse des consultations ne signifie pas une hausse équivalente des hospitalisations. L'hiver dernier, le recours aux soins pour Covid-19 était resté faible malgré une circulation continue du virus, selon l'Agence régionale de santé. C'est la grippe qui avait pesé sur les hôpitaux.
Le covid n'a jamais disparu
La question « le Covid est-il de retour ? » repose sur un malentendu. Le SARS-CoV-2 n'a jamais quitté la France. Il circule en permanence, avec des remontées plus ou moins marquées, comme les autres virus respiratoires. C'est ce que les spécialistes appellent une circulation endémique. La France suit d'ailleurs désormais le Covid-19 dans une surveillance intégrée des infections respiratoires, au même titre que la grippe et le virus respiratoire syncytial.
Le virus continue aussi de muter. Selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), au 25 septembre 2026, aucun variant ne répond aux critères de « variant préoccupant ». Le sous-variant XFG, de la famille Omicron JN.1, est dominant en Europe. Deux autres sont placés sous surveillance : NB.1.8.1 et BA.3.2. Pour aucun des trois, l'ECDC ne relève d'élément montrant une transmissibilité accrue, une meilleure échappée immunitaire ou une gravité plus forte.
BA.3.2 attire cependant l'attention des scientifiques. Selon l'Alliance du vaccin Gavi, ce variant détecté pour la première fois en Afrique du Sud en novembre 2024 porte plus de 50 mutations sur sa protéine Spike par rapport à son ancêtre. Les anticorps issus de la vaccination ou d'une infection le neutralisent moins bien. Il semble en revanche moins efficace pour infecter les cellules, et l'Organisation mondiale de la santé n'a constaté ni avantage de croissance durable, ni gravité accrue.
Le virus ne revient pas. Il circule, mute, et remonte chaque automne.
Trois doses, ce qui a réellement été dit
Reste la question qui alimente la méfiance. Beaucoup de Français se souviennent d'un message simple : deux doses, puis un rappel, et l'on était « à jour ». C'était l'époque du passe vaccinal, au début de 2022. De là est née l'idée que trois doses suffisaient pour toujours. Or ce n'est pas exactement ce que les autorités sanitaires ont recommandé ensuite.
Dès mai 2022, la Haute Autorité de santé (HAS) annonçait anticiper une « vaccination périodique des plus fragiles ». Elle expliquait que l'immunité de la population allait baisser avec le temps et que des rebonds épidémiques étaient à prévoir, ce qui justifierait des rappels réguliers pour les personnes à haut risque. Pour la population générale, elle ne recommandait pas de nouvelles doses. En 2023, elle a même cessé de recommander la primo-vaccination systématique de la population générale, pour concentrer l'effort sur les plus vulnérables.
Autrement dit, les deux affirmations sont vraies en même temps, mais pour des publics différents. Pour un adulte en bonne santé de moins de 65 ans, aucune nouvelle dose n'est recommandée depuis des années, et la campagne du 13 octobre ne le vise pas en priorité. Pour une personne âgée ou fragile, en revanche, la recommandation est un rappel chaque automne, comme pour la grippe. La vaccination reste gratuite pour toute personne qui le souhaite, même en dehors des publics prioritaires.
Trois doses pour les uns, un rappel chaque automne pour les plus fragiles : ce n'est pas une contradiction, c'est deux publics.
Pourquoi un rappel chaque année
Deux raisons scientifiques expliquent ce rappel annuel pour les personnes à risque.
La première est la baisse de la protection avec le temps. Une étude européenne menée dans cinq pays, dont la France, par le réseau VEBIS et publiée dans JAMA Network Open, montre que l'efficacité du vaccin 2025-2026 contre les infections nécessitant une consultation passait de 64 % entre deux et six semaines après l'injection à 52 % entre six et douze semaines. Chez les personnes âgées, dont le système immunitaire répond moins bien, cette érosion compte davantage.
La seconde est l'évolution du virus. Un vaccin conçu contre une souche ancienne protège moins bien contre les variants récents. C'est pourquoi l'Agence européenne des médicaments (EMA) a recommandé, le 29 mai 2026, d'adapter les vaccins de la campagne 2026-2027 au sous-variant XFG, en estimant qu'il offrirait la meilleure protection contre les sous-variants JN.1 et contre BA.3.2. Le vaccin Comirnaty XFG sera utilisé cette saison.
Le bénéfice attendu n'est pas d'empêcher toute infection, mais de réduire les formes graves. Selon une étude américaine des Centers for Disease Control and Prevention publiée en juin 2026, le vaccin de la saison précédente a réduit de 53 % le risque d'hospitalisation chez les plus de 65 ans. C'est ce chiffre, et non une promesse d'immunité totale, qui fonde la recommandation.
Le rappel ne promet pas d'éviter le virus. Il réduit de moitié le risque d'hôpital chez les plus âgés.
Pourquoi les autorités insistent maintenant
Le calendrier tient aussi à la grippe, plus qu'au Covid. La saison 2025-2026 a été marquée par une épidémie de grippe d'une dizaine de semaines, jugée de faible à modérée en ville mais forte à l'hôpital. Santé publique France estime qu'elle a provoqué environ 1,2 million de consultations et quelque 28 300 hospitalisations après un passage aux urgences.
Or la vaccination recule. Selon Santé publique France, citée par l'Association Santé respiratoire France, seuls 56,7 % des plus de 65 ans et 49,6 % des personnes à risque étaient vaccinés contre la grippe la saison dernière, loin de l'objectif de 75 %. L'agence observe que la vaccination antigrippale « ne cesse de reculer depuis la période du Covid-19 ».
C'est là un effet indirect de la pandémie : la lassitude et la méfiance nées des années 2020-2022 se sont reportées sur des vaccins anciens et éprouvés. Les autorités organisent donc une campagne commune : à partir du 13 octobre, les personnes éligibles pourront recevoir les vaccins contre la grippe et contre le Covid-19 lors d'un même rendez-vous, dans deux bras différents, chez le médecin, le pharmacien, l'infirmier ou la sage-femme. La campagne de prévention contre le VRS chez les nourrissons a, elle, commencé dès le 14 septembre.
Le problème de la parole publique
Il serait pourtant trop simple de renvoyer la méfiance du public à l'ignorance. Une part du malentendu vient des autorités elles-mêmes.
Pendant la pandémie, la communication a souvent présenté la vaccination comme un passage obligé et définitif. Aujourd'hui, elle la présente comme un geste saisonnier réservé à certains publics. Ce changement est justifié scientifiquement, mais il a rarement été expliqué. Un article publié sur le site spécialisé vih.org relevait l'an dernier que le courrier de l'Assurance maladie consacrait au Covid « trois courtes lignes » en bas de page, derrière la grippe. Les patients demandaient alors si le Covid était « fini ». Le même auteur notait que le vaccin Covid, conditionné en flacons multidoses, restait plus compliqué à obtenir que le vaccin antigrippal, disponible en dose unitaire en pharmacie.
Les autorités paient ainsi deux fois leur manque de pédagogie : une partie du public pense que le Covid a disparu, une autre soupçonne une contradiction là où il n'y a qu'une adaptation. Dans les deux cas, ce sont les plus fragiles qui risquent de ne pas se faire vacciner.
Ce qu'il faut retenir
Le Covid-19 n'est pas « revenu » : il circule en permanence et connaît une légère reprise automnale, à un niveau encore faible et inférieur aux deux dernières années en Bourgogne-Franche-Comté. Aucun variant préoccupant n'est identifié en Europe. La grippe et la bronchiolite ne sont pas épidémiques dans la région.
Les autorités n'ont pas contredit leur message sur les trois doses. Pour les adultes en bonne santé, aucune nouvelle dose n'est recommandée. Pour les plus de 65 ans, les femmes enceintes, les personnes immunodéprimées ou atteintes de certaines maladies chroniques, et les résidents d'établissements médico-sociaux, un rappel annuel est conseillé à l'automne, avec un vaccin adapté au variant dominant, parce que la protection diminue et que le virus évolue.
Entre la panique et l'indifférence, il existe une voie raisonnable : se faire vacciner lorsqu'on fait partie des publics à risque, surveiller les données des prochaines semaines et exiger des autorités une parole plus claire. Car une question reste posée à ceux qui conçoivent les campagnes : comment convaincre les plus fragiles de se protéger, si on ne leur a jamais vraiment expliqué pourquoi la règle a changé ?
